近年来机船学院科研水平不断提升。学院有广西海洋工程装备与技术重点实验室、广西船舶数字化设计与先进制造工程技术研究中心、广西交通运输行业内河绿色智慧船舶研发中心、广西高校北部湾近海海洋工程装备与技术重点实验室等4个省级或厅级科研平台，以及钦州市船舶先进设计制造重点实验室、钦州市“互联网+先进制造”工程技术研究中心等2个市级重点实验室和工程技术研究中心。组建有临海机械装备智能设计制造与状态监测研究团队、智能舰船结构与装备技术创新团队、船海智能化焊接制造技术与装备团队、海洋工程装备研发与安全评价技术团队、风力机与储能技术团队、农林机械装备设计与制造团队、先进测控与智能机器人研究团队、先进制造装备与技术创新应用团队等8支具有区域特色的科研团队。
近五年来，学院教师主持纵向科研项目89项，总研究经费2567万元，到账经费516万元，其中国家自然科学基金9项，广西科技计划项目10项，广西自然科学基金10项。承担委托科技服务项目60项，总合同经费达1053万元，到账经费849万元。以第一作者或通讯作者发表学术论文339篇，其中被SCI收录期刊论文80篇，EI收录期刊论文26篇，北大核心论文60篇。获授权专利275件，其中授权发明专利112件、实用新型专利133件、外观设计30件。科研成果获得广西科学技术奖励三等奖2项。出版专著5部；获采纳研究报告3篇。
